С 2019 года Шебекинская средняя школа с углублённым изучением отдельных предметов и средняя школа № 5 с углублённым изучением отдельных предметов успешно работают в режиме «Школа полного дня».
Учитывая длительное пребывание обучающихся в школе, для каждого обучающегося разработаны индивидуальные образовательные маршруты, отражающие занятость ребенка в урочной, внеурочной деятельности и дополнительном образовании.
В системе проводятся занятия с одаренными школьниками, осуществляется подготовка учащихся к участию в олимпиадах и конкурсах различного уровня.
Организованы занятия со слабоуспевающими школьниками.
В соответствии с графиком работали консультационные площадки для подготовки выпускников к экзаменам.
В школах создана комфортная благоприятная психологическая среда для учащихся и учителей, оформлены зоны отдыха для учащихся.